Ich bin neulich über das Programm zim (http://www.zim-wiki.org) gestolpert. Dieses ist eine Art "Desktop-Wiki", mit dem man mit recht kurzer Einarbeitungszeit sehr leicht sein persönliches Zettelwirrwarr ordnen kann.
Zim bietet eine rudimentäre Aufgabenverwaltung sowie Textformatierungen, kann LaTeX-Formeln rendern und über "dot" aus dem graphviz-Paket auch Diagramme zeichnen.
Dadurch kann man zim auch als Mindmapping-Tool verwenden.
Die größte Stärke spielt zim allerdings - seinem Namen gerecht werdend - im "Wiki"-Bereich aus: Geschwindigket, einfache Verlinkung zwischen unterschiedlichen Seiten, eine gute Suchfunktion und - last but not least - eine sehr gute Integration der Versionsverwaltungstools subversion oder Bazaar.